Instalación de Entorno de trabajo. Ubuntu WSL2

Ingeniería Biomédica

Tutorial

Autor/a

Ph.D. Pablo Eduardo Caicedo Rodríguez

Fecha de publicación

16 de julio de 2025

Instalación de Ubuntu en WSL

Antes de compilar Python, es necesario disponer de Ubuntu corriendo bajo WSL2 en Windows 11. Sigue estos pasos:

Verificar requisitos:
- Windows 11 (build 22000 o superior).
- Virtualización habilitada en BIOS/UEFI (Intel VT-x o AMD SVM).
- Permisos de administrador en Windows.
Habilitar WSL y plataforma de máquina virtual:

Abre PowerShell como administrador y ejecuta: powershell wsl --install
- Esto activa las características “Virtual Machine Platform” y “Windows Subsystem for Linux”.
- Descarga e instala Ubuntu por defecto (puedes ignorar o desinstalar luego).
- Reinicia el equipo si se solicita.
Instalar Ubuntu:
- Vía PowerShell:
```
wsl --install -d Ubuntu
```
- O desde Microsoft Store:
  1. Abre Microsoft Store.
  2. Busca “Ubuntu” y pulsa Instalar.
Primer arranque de Ubuntu:
1. Abre Ubuntu desde el menú Inicio o Windows Terminal. powershell wsl -d Ubuntu
2. Crea tu usuario y contraseña de Linux.
Actualizar paquetes del sistema:
```
sudo apt update && sudo apt upgrade -y
```

Instalación de R y Python

1. Actualizar repositorios e instalar dependencias de compilación

Ejecuta los siguientes comandos para actualizar el sistema e instalar las bibliotecas necesarias para compilar Python desde el código fuente:

sudo apt update
sudo apt install -y \
  build-essential \
  libssl-dev \
  zlib1g-dev \
  libncurses5-dev libncursesw5-dev \
  libreadline-dev \
  libsqlite3-dev \
  libgdbm-dev libdb5.3-dev \
  libbz2-dev \
  libexpat1-dev \
  liblzma-dev \
  tk-dev \
  dirmngr \
  gnupg \
  apt-transport-https \
  ca-certificates \
  software-properties-common wget \
  libxml2-dev \
  libharfbuzz-dev \
  libfribidi-dev \
  libcurl4-openssl-dev \
  libmagick++-dev \
  cmake\
  wget

2 Instalación de la versión más reciente de R

Para instalar la versión más reciente de R en Ubuntu bajo WSL2, sigue estos pasos:

1. Agregar la clave y el repositorio oficial de CRAN:

wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"

2. Instalar R:

sudo apt update
sudo apt install -y r-base r-base-dev r-recommended

3. Verificar la instalación:

R --version    # Debe mostrar la versión de R recién instalada
sudo R
install.packages(c("DiagrammeR", "reticulate", "kableExtra", "tidyverse", "knitr", "cowplot", "ggfx", "rstatix", "languageserver"))

3 Descargar y extraer Python 3.13

1. Descarga el código fuente de Python 3.13 y descomprímelo en `/usr/src`:

cd /usr/src
sudo wget https://www.python.org/ftp/python/3.13.5/Python-3.13.5.tgz
sudo tar -xzf Python-3.13.5.tgz
cd Python-3.13.5

2. Configura la compilación con optimizaciones y el instalador de pip integrado:

```bash
sudo ./configure --enable-optimizations --with-ensurepip=install
```

3. Compila utilizando todos los núcleos disponibles:

```bash
sudo make -j "$(nproc)"
```

4. Instala Python 3.12 sin sobrescribir la versión del sistema por defecto:

```bash
sudo make altinstall
```

Los ejecutables quedarán en /usr/local/bin/python3.13 y /usr/local/bin/pip3.13.

5. Verificación de la instalación

Comprueba las versiones instaladas:

/usr/local/bin/python3.13 --version   # Debe mostrar Python 3.12.0
/usr/local/bin/pip3.13 --version      # Debe mostrar la versión de pip correspondiente

6. Crear y activar un entorno virtual

1. Crea un directorio de trabajo

```bash
mkdir -p ~/proyectos
cd ~/proyectos
```

2. Crea un entorno virtual (mienv) con Python 3.13:

```bash
/usr/local/bin/python3.13 -m venv mienv
```

3. Activa el entorno:

```bash
source mienv/bin/activate
```

4. Verifica que `python` y `pip` apunten a la versión 3.13:

```bash
python --version   # Python 3.13.5
pip --version      # pip x.y.z
```

5. desactivar el entorno, ejecuta:

deactivate

Instalación de CUDA

Para habilitar aceleración GPU en tu Ubuntu bajo WSL2, instala CUDA siguiendo estos pasos:

1. Obtener el kit de repositorio CUDA de NVIDIA:

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/wsl-ubuntu/x86_64/cuda-wsl-ubuntu.pin
sudo mv cuda-wsl-ubuntu.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-repository-pin-600
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/12.9.1/local_installers/cuda-repo-wsl-ubuntu-12-9-local_12.9.1-1_amd64.deb
sudo dpkg -i cuda-repo-wsl-ubuntu-12-9-local_12.9.1-1_amd64.deb
sudo cp /var/cuda-repo-wsl-ubuntu-12-9-local/cuda-*-keyring.gpg /usr/share/keyrings/
sudo apt-get update
sudo apt-get -y install zlib1g cuda-toolkit-12-9 nvidia-cuda-toolkit nvidia-cudnn

2. Verificar la instalación:

# Verifica la versión de nvcc
nvcc --version
# Verifica que la GPU sea detectada
nvidia-smi

Instalación de Miniconda3 en Ubuntu (WSL)

A continuación se detallan los pasos estrictamente por terminal para instalar Miniconda3 en tu entorno Ubuntu bajo WSL.

1. Actualizar índices de paquetes

sudo apt update

2. Descargar el instalador oficial

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda.sh

3. Verificar la integridad (opcional)

Compara el hash SHA‑256 generado con el publicado en el sitio oficial:

sha256sum ~/miniconda.sh
# Comprueba que el resultado coincida con el valor en https://repo.anaconda.com/miniconda/

4. Ejecutar el instalador en modo silencioso

Esto instalará Miniconda en ~/miniconda sin interacción:

bash ~/miniconda.sh -b -p $HOME/miniconda

5. Inicializar Conda en tu shell

Para que conda esté disponible cada vez que abras la terminal:

eval "$(~/miniconda/bin/conda shell.bash hook)"
conda init

6. Recargar la configuración de shell

source ~/.bashrc

7. Actualizar Conda a la última versión

conda update -n base -c defaults conda -y

8. Verificar la instalación

conda --version
# Deberías ver algo como: conda 23.x.x

Instalación de Texlive (LATEX)

sudo apt update
sudo apt install texlive-full

Instalación de Quarto

Se requiere revisarr la versión de Quarto disponible en la página de descargas de Quarto .


sudo apt update
wget https://github.com/quarto-dev/quarto-cli/releases/download/v1.7.32/quarto-1.7.32-linux-amd64.deb
sudo dpkg -i quarto-1.7.32-linux-amd64.deb
sudo apt-get install -f

--- title: "Instalación de Entorno de trabajo. Ubuntu WSL2" description: "Tutorial" subtitle: "Ingeniería Biomédica" lang: es author: "Ph.D. Pablo Eduardo Caicedo Rodríguez" image: "../recursos/imagenes/tutoriales/InstalacionPython/portada.png" date: last-modified format: html: toc: true toc-location: left code-tools: true code-overflow: wrap code-line-numbers: true code-copy: true fig-align: center align: justify self-contained: true theme: - simple - ../recursos/estilos/metropolis.scss slide-number: true preview-links: auto logo: ../recursos/imagenes/generales/Escuela_Rosario_logo.png css: ../recursos/estilos/styles_pres.scss footer: <https://pablocaicedor.github.io/> transition: fade progress: true scrollable: true mainfont: "Fira Code" resources: - demo.pdf --- # Instalación de Ubuntu en WSL Antes de compilar Python, es necesario disponer de Ubuntu corriendo bajo WSL2 en Windows 11. Sigue estos pasos: 1. **Verificar requisitos**: - Windows 11 (build 22000 o superior). - Virtualización habilitada en BIOS/UEFI (Intel VT-x o AMD SVM). - Permisos de administrador en Windows. 2. **Habilitar WSL y plataforma de máquina virtual**: Abre PowerShell como administrador y ejecuta: ```powershell wsl --install ``` - Esto activa las características “Virtual Machine Platform” y “Windows Subsystem for Linux”. - Descarga e instala Ubuntu por defecto (puedes ignorar o desinstalar luego). - Reinicia el equipo si se solicita. 3. **Instalar Ubuntu**: - **Vía PowerShell**: ```powershell wsl --install -d Ubuntu ``` - **O desde Microsoft Store**: 1. Abre Microsoft Store. 2. Busca "Ubuntu" y pulsa **Instalar**. 4. **Primer arranque de Ubuntu**: 1. Abre Ubuntu desde el menú Inicio o Windows Terminal. ```powershell wsl -d Ubuntu ``` 2. Crea tu usuario y contraseña de Linux. 5. **Actualizar paquetes del sistema**: ```bash sudo apt update && sudo apt upgrade -y ``` # Instalación de R y Python ## 1. Actualizar repositorios e instalar dependencias de compilación Ejecuta los siguientes comandos para actualizar el sistema e instalar las bibliotecas necesarias para compilar Python desde el código fuente: ```bash sudo apt update sudo apt install -y \ build-essential \ libssl-dev \ zlib1g-dev \ libncurses5-dev libncursesw5-dev \ libreadline-dev \ libsqlite3-dev \ libgdbm-dev libdb5.3-dev \ libbz2-dev \ libexpat1-dev \ liblzma-dev \ tk-dev \ dirmngr \ gnupg \ apt-transport-https \ ca-certificates \ software-properties-common wget \ libxml2-dev \ libharfbuzz-dev \ libfribidi-dev \ libcurl4-openssl-dev \ libmagick++-dev \ cmake\ wget ``` ## 2 Instalación de la versión más reciente de R Para instalar la versión más reciente de R en Ubuntu bajo WSL2, sigue estos pasos: ### 1. **Agregar la clave y el repositorio oficial de CRAN**: ```bash wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/" ``` ### 2. **Instalar R**: ```bash sudo apt update sudo apt install -y r-base r-base-dev r-recommended ``` ### 3. **Verificar la instalación**: ```bash R --version # Debe mostrar la versión de R recién instalada sudo R install.packages(c("DiagrammeR", "reticulate", "kableExtra", "tidyverse", "knitr", "cowplot", "ggfx", "rstatix", "languageserver")) ``` ## 3 Descargar y extraer Python 3.13 ### 1. Descarga el código fuente de Python 3.13 y descomprímelo en `/usr/src`: ```bash cd /usr/src sudo wget https://www.python.org/ftp/python/3.13.5/Python-3.13.5.tgz sudo tar -xzf Python-3.13.5.tgz cd Python-3.13.5 ``` ### 2. Configura la compilación con optimizaciones y el instalador de pip integrado: ```bash sudo ./configure --enable-optimizations --with-ensurepip=install ``` ### 3. Compila utilizando todos los núcleos disponibles: ```bash sudo make -j "$(nproc)" ``` ### 4. Instala Python 3.12 sin sobrescribir la versión del sistema por defecto: ```bash sudo make altinstall ``` Los ejecutables quedarán en `/usr/local/bin/python3.13` y `/usr/local/bin/pip3.13`. ### 5. Verificación de la instalación Comprueba las versiones instaladas: ```bash /usr/local/bin/python3.13 --version # Debe mostrar Python 3.12.0 /usr/local/bin/pip3.13 --version # Debe mostrar la versión de pip correspondiente ``` ### 6. Crear y activar un entorno virtual #### 1. Crea un directorio de trabajo ```bash mkdir -p ~/proyectos cd ~/proyectos ``` #### 2. Crea un entorno virtual (mienv) con Python 3.13: ```bash /usr/local/bin/python3.13 -m venv mienv ``` #### 3. Activa el entorno: ```bash source mienv/bin/activate ``` #### 4. Verifica que `python` y `pip` apunten a la versión 3.13: ```bash python --version # Python 3.13.5 pip --version # pip x.y.z ``` #### 5. desactivar el entorno, ejecuta: ```bash deactivate ``` # Instalación de CUDA Para habilitar aceleración GPU en tu Ubuntu bajo WSL2, instala CUDA siguiendo estos pasos: ## 1. **Obtener el kit de repositorio CUDA de NVIDIA**: ```bash wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/wsl-ubuntu/x86_64/cuda-wsl-ubuntu.pin sudo mv cuda-wsl-ubuntu.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-repository-pin-600 wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/12.9.1/local_installers/cuda-repo-wsl-ubuntu-12-9-local_12.9.1-1_amd64.deb sudo dpkg -i cuda-repo-wsl-ubuntu-12-9-local_12.9.1-1_amd64.deb sudo cp /var/cuda-repo-wsl-ubuntu-12-9-local/cuda-*-keyring.gpg /usr/share/keyrings/ sudo apt-get update sudo apt-get -y install zlib1g cuda-toolkit-12-9 nvidia-cuda-toolkit nvidia-cudnn ``` ## 2. **Verificar la instalación**: ```bash # Verifica la versión de nvcc nvcc --version # Verifica que la GPU sea detectada nvidia-smi ``` # Instalación de Miniconda3 en Ubuntu (WSL) A continuación se detallan los pasos estrictamente por terminal para instalar Miniconda3 en tu entorno Ubuntu bajo WSL. ## 1. Actualizar índices de paquetes ```bash sudo apt update ``` ## 2. Descargar el instalador oficial ```bash wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda.sh ``` ## 3. Verificar la integridad (opcional) Compara el hash SHA‑256 generado con el publicado en el sitio oficial: ```bash sha256sum ~/miniconda.sh # Comprueba que el resultado coincida con el valor en https://repo.anaconda.com/miniconda/ ``` ## 4. Ejecutar el instalador en modo silencioso Esto instalará Miniconda en `~/miniconda` sin interacción: ```bash bash ~/miniconda.sh -b -p $HOME/miniconda ``` ## 5. Inicializar Conda en tu shell Para que `conda` esté disponible cada vez que abras la terminal: ```bash eval "$(~/miniconda/bin/conda shell.bash hook)" conda init ``` ## 6. Recargar la configuración de shell ```bash source ~/.bashrc ``` ## 7. Actualizar Conda a la última versión ```bash conda update -n base -c defaults conda -y ``` ## 8. Verificar la instalación ```bash conda --version # Deberías ver algo como: conda 23.x.x ``` # Instalación de Texlive (LATEX) ```bash sudo apt update sudo apt install texlive-full ``` # Instalación de Quarto Se requiere revisarr la versión de Quarto disponible en la página de descargas de Quarto ![https://quarto.org/docs/get-started/](https://quarto.org/docs/get-started/). ```bash sudo apt update wget https://github.com/quarto-dev/quarto-cli/releases/download/v1.7.32/quarto-1.7.32-linux-amd64.deb sudo dpkg -i quarto-1.7.32-linux-amd64.deb sudo apt-get install -f ``` ---